Декларация о создании Комитета была подписана 15 января 2004г. Среди учредителей - Борис Немцов, Владимир Буковский, Гарри Каспаров, Михаил Бергер, Юлия Латынина, Евгений Киселев, Дмитрий Муратов и другие (позднее к Комитету-2008 присоединились Ирина Хакамада, Георгий Сатаров, Владимир Рыжков, Борис Надеждин и др.).

Структура организации и порядок вступления в неё: члены Комитета, подписавшие декларацию и имеющие право голоса на заседаниях (они же - члены-учредители), избираются двумя третями голосов всех сторонников Комитета (любой, подписавший декларацию). На август 2005 года подписали "Декларацию" и стали сторонниками Комитета-2008 2322 человека. В состав Комитета входят также эксперты, избирающиеся из общего состава сторонников тайным голосованием, и участвующие с правом совещательного голоса на заседаниях Комитета, их имена не публикуются.

Председателем "Свободного выбора" стал Гарри Каспаров. На первом заседании Комитета "Свободный выбор" 29 января 2005 г. были избраны сопредседатели Комитета, а также определены сферы их ответственности: Борис Немцов (организационные и финансовые вопросы деятельности Комитета), Сергей Пархоменко (вопросы связей с общественностью, редакционной деятельности Комитета), Ирина Ясина (вопросы научной и исследовательской деятельности Комитета). Были определены три главных направления работы: правовое (юридическая экспертиза выборов, "изучение правовых последствий выборов депутатов государственной думы и президента РФ, в том числе в связи с массовыми фальсификациями и нарушениями избирательных прав"), исследовательское ("анализ зарождения тоталитарных методов в современной России", "определение ресурсов общественного противостояния наступлению тоталитаризма") и организационно-пропагандистское.

В январе 2004г. Комитет-2008 отверг предложение о сотрудничестве со стороны председателя НБП Эдуарда Лимонова, предполагавшее вступление Э. Лимонова в члены-учредители Комитета. 24 апреля 2004г. Комитет выступил с призывом к созданию коалиции оппозиционных демократических сил, в основе формирования которой должны быть "праймериз" - свободное голосование за наиболее авторитетных демократических политиков. В дальнейшем "праймериз" так и не состоялись. В июле было объявлено о создании "Московского объединения сторонников Комитета-2008" по инициативе активистов молодежного СПС.

31 августа Комитет-2008, "Яблоко" и КПРФ выступили с совместным иском в Верховный суд РФ с требованием отмены результатов выборов в Госдуму декабря 2003 г. На протяжении 2004 г. деятельность Комитета-2008 в основном состояла из публичных заявлений по вопросам текущей политической ситуации: о выборах, о теракте в Беслане, об "опасности конституционного переворота", о необходимости объединения демократов. Председатель Комитета Гарри Каспаров выступал с докладами о правах человека и характере политических процессов в России на Комиссии США по безопасности и сотрудничеству в Европе, Балтийском форуме развития в Гамбурге (где, в частности, назвал президента Путина "сталинистом"). Комитет-2008 принял активное участие в проведении Гражданского конгресса "За демократию, против диктатуры" 12 декабря 2004г.

11 марта 2005г. председатель Комитета-2008 Гарри Каспаров заявил о завершении своей спортивной карьеры и желании полностью посвятить себя политической деятельности. К маю 2005г. активность Комитета-2008 практически свелась к минимуму, ключевые лидеры занимаются собственными политическими проектами (Г. Каспаров - ОГФ, В. Рыжков - РПР и т. д.).