Существует с 1993 года. Свои задачи определяет следующим образом: "поощрять интеллектуальное сотрудничество между учеными и политическими экспертами России, других постсоветских государств и прочих регионов мира; проводить независимый экспертный анализ по широкому кругу общественно значимых проблем; служить свободным форумом для дискуссий и дебатов по наиболее острым проблемам развития России и Евразии и международной безопасности". Центр Карнеги сочетает в своей работе научный потенциал московских исследователей с профессиональным опытом и знаниями сотрудников Российско-Евразийской программы Фонда Карнеги в Вашингтоне. Специалисты в Москве и Вашингтоне составляют две неотъемлемые части широкой программы совместных исследований, дискуссий и публикаций.

В Москве Центр организует семинары, конференции и лекции, предоставляя дискуссионную площадку авторитетным государственным и общественным деятелям, ученым из России и других постсоветских государств, США, а также многих других стран мира.

Опираясь на независимые исследования в рамках собственных программ, Московский Центр Карнеги ведет широкую издательскую деятельность: публикует сборники статей, монографии, справочные и периодические издания, брошюры - в общей сложности до 20 наименований в год. Центр Карнеги также выпускает ежеквартальный журнал "Pro et Contra", серию "Рабочие материалы" и ежемесячные " Брифинги". Публикации Центра выходят на русском, английском, либо на обоих языках и широко распространяются в России и за ее пределами. Последний номер "Pro et contra", вышедший после длительного перерыва в июле 2005г. , посвящен теме ""Цветные революции" и постсоветское пространство". Одна из последних программ центра Карнеги - мониторинг "Реформы Путина в регионах", ведущийся по девяти регионам (в центре внимания - власть и гражданское общество, монетизация и социальный протест, муниципальная реформа).

Директор Московского центра Карнеги - Эндрю Качинс, заместитель по научной работе - Дмитрий Тренин. В прошлом научными сотрудниками центра были Сергей Марков, Михаил Э. Дмитриев (заместитель министра труда и социального развития), Сергей Васильев (председатель комитета Совета Федерации по финансовым рынкам и денежному обращению). В числе ведущих научных сотрудников Центра - Андрес Ослунд, Майкл Макфол, Марта Олкотт, Алексей Арбатов, Лилия Шевцова, Алексей Малашенко, в членах наблюдательного совета числятся Петр Авен, Егор Гайдар, Михаил Маргелов, Сергей Караганов, Владимир Познер, Владимир Рыжков, Григорий Явлинский, Евгений Ясин.